Ранняя история окрестностей Уфы уходит в далёкое прошлое, во времена древнекаменного века (палеолита).
На карте братьев Пицигани (1367 г.) и в Каталонском атласе (1375 г.) примерно в междуречье Камы и Яика, ориентировочно на реке Белой был обозначен город Паскерти (Pascherti) (Башкорт). На карте Герарда Меркатора 1554 года также нанесён город Паскерти. Французский востоковед Анри Кордье связывает положение этого города на карте с местонахождением современной Уфы. Выдающийся арабский автор XIV века Ибн Хальдун в числе крупнейших городов Золотой Орды называл город Башгирд (Башкорт), а западно-европейские картографы XIV—XVI веков помещали его в районе устья реки Уфы.
Результаты современных раскопок и радиоуглеродного анализа показывают, что основное время существования поселения приходится на IV—VIII вв. Анализ полученных на территории памятника материалов свидетельствует, что следует вести речь о двух не связанных между собой объектах. Первый объект — раннесредневековое Городище Уфа II, существовавшее в IV—VIII вв. и возможно и в IX в. Второй объект — место некоей активности в домонгольское и золотоордынское время (XII—XIV вв.), когда основная часть площадки городища была давно заброшена, а обжитая часть представляла собой небольшое поселение, возможно, сезонное (убедительно интерпретировать эту активность невозможно ввиду малочисленности и разновременности находок, доля которых составляет не более десятой доли процента всех находок).
В XVI веке на территории Уфы располагалась зимняя ставка башкирского наместника правителя Ногайской Орды. Русский историк XVIII века Пётр Рычков, имевший в распоряжении недошедшие до нас рукописные документы по истории Уфимской губернии XV—начала XVI веков и исторические предания башкирского народа, писал, что на территории города Уфы до прихода русских существовал большой город, простиравшийся по высокому берегу реки Белой от устья реки Уфы «вёрст на десять», в котором находилась ставка Тура-хана.
XVI—XIX века
После вхождения в 1557 году Башкортостана в состав Московского царства башкиры обратились к Ивану IV с челобитьем о строительстве на их земле города. П. И. Рычков писал об этом событии: «По достоверным выправкам нашлось, что башкирцы о построении сего города челобитье своё имели в 7081 (1573) году не только для того одного, чтобы им положенный на них ясак тут, как внутри их жилищ, платить было льготнее, но и от неприятелей бы иметь им здесь убежище и защиту». В шежере башкир племени юрматы говорится: «Трудно было возить ясак в город Казань, который был далеко: у великого царя просили построить город Уфу на своей земле». В шежере юго-восточных башкир повествуется о том, что «башкиры стали просить царя, чтобы для отражения набегов… и для удобности взноса ясака дозволено было на их земле построить город».
В 1574 году в устье рек Сутолоки и Ногайки, на Троицком холме, отрядом стрельцов во главе с воеводой Иваном Нагим был возведён Уфимский кремль.
В 1586 году Уфа получает статус города и становится административным центром Уфимского уезда. С появлением Уфимского уезда в крае была учреждена воеводческая форма управления. По свидетельству историков, первым воеводой стал присланный Москвой Михаил Нагой. Воевода возглавлял главное административное учреждение города — Уфимскую приказную избу. Ему подчинялось гарнизонное войско в 150—200 стрельцов. С постройкой городских стен и появлением посада (торгово-промышленной части, примыкавшей вплотную к крепости), находившийся в центре острог стал называться кремлём. Кремль был обнесён частоколом из брёвен общей длиной 440 метров, над южной и северной его частями возвышались дубовые башни.
В середине XVII века город получает свой гербовый знак. В Казани была отлита печать Уфимской приказной избы с изображением на ней бегущей куницы (впоследствии этот символ будет украшать герб Уфы). Население города вместе с гарнизоном к этому времени насчитывало около полутора тысяч человек.
Одна из самых драматичных страниц в истории Уфы той эпохи связана с событиями Крестьянской войны 1773—1775 годов. Как писал А. С. Пушкин, первый историограф Пугачёвского восстания, осенью 1773 года сподвижник Пугачёва яицкий казак Иван «Чика» Зарубин «остановился в селе Чесноковка, в десяти верстах от Уфы, взбунтовал окрестные деревни, большею частью башкирские, и отрезал город от всякого сообщения». Количество повстанцев достигало пятнадцати тысяч человек, число защищающихся едва превышало тысячу. В городе не хватало продовольствия, фуража для скота, топлива. Восставшие дважды подступали к стенам Уфы, но взять её так и не смогли. Весной 1774 года из Казани на помощь осаждённым выступили регулярные войска под командованием подполковника И. И. Михельсона. Окрестности Уфы превратились в арену ожесточённых сражений. 24 марта хорошо вооружённые правительственные войска сломили отчаянное сопротивление повстанцев.
Из города-крепости Уфа в XVII—XVIII веках постепенно превратилась в административный и экономический центр края. С 1708 года она находилась в составе Казанской губернии. В 1728 году город стал центром Уфимской провинции, воевода которой подчинялся непосредственно Сенату. В 1744 года Уфа приписана к Оренбургской губернии. С декабря 1781 года город стал центром Уфимского наместничества, губернатором которого был назначен Иван Варфоломеевич Ламб. В 1796 году город вновь передан в Оренбургскую губернию. С 1802 года Уфа стала губернским городом с резиденцией губернатора и губернских учреждений. В 1865 году Уфа стала центром Уфимской губернии.
XX—XXI века
5 июля 1918 года в ходе начавшейся в России гражданской войны Уфа занята частями выступившего против большевиков Чехословацкого корпуса и перешла под контроль структур Комитета членов Учредительного собрания (Комуча). С 8 по 23 сентября 1918 года в городе проходило Уфимское государственное совещание, наиболее представительный форум антибольшевистских правительств, политических партий, казачьих войск и местных самоуправлений востока России. 23 сентября 1918 года было образовано Временное Всероссийское правительство, известное также как Уфимская директория. Оно находилось в городе до 9 октября 1918 года, после чего переместилось в Омск. В декабре 1918 года Уфа была занята войсками Красной Армии. 13 марта 1919 года город был захвачен войсками Колчака, но уже 9 июня того же года он вновь отбит Красной Армией.
14 июня 1922 года декретом ВЦИК «О расширении границ Автономной Башкирской Социалистической Советской Республики» Уфимская губерния была упразднена. Уфимский, Бирский, Белебеевский и Златоустовский уезды Уфимской губернии включены в состав Автономной Башкирской Социалистической Советской Республики. В состав республики также были включены Тургоякская, Сыростанская, Миасская волости, город Миасс Миасского уезда Челябинской губернии, позднее в неё возвращенные. Из Малой Башкирии в Челябинскую губернию передан Яланский кантон. Мензелинский уезд Уфимской губернии в 1920 году был включён в состав образованной Автономной Татарской Социалистической Советской Республики. Уфа стала официальной столицей Автономной Башкирской Социалистической Советской Республики.
В годы Великой Отечественной войны в Уфу из западных районов СССР были эвакуированы десятки промышленных предприятий, некоторые государственные учреждения и научно-исследовательские институты, сотрудники Коминтерна, писатели и Академия наук Украины. (подробнее…)
В 2015 году в Уфе проходил саммит Шанхайской организации сотрудничества и БРИКС. В 2020 году в Уфе пройдёт VI Фольклориада. В 2021 году Уфа проведет XLVII Международный конгресс по пчеловодству «Апимондия».
